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Enregistrement W2148312526 · doi:10.1038/nature06617

The genome of the choanoflagellate Monosiga brevicollis and the origin of metazoans

2008· article· en· W2148312526 sur OpenAlexfundno aff
Nicole King, M. Jody Westbrook, Susan L. Young, Alan Kuo, Monika Abedin, Jarrod Chapman, Stephen R. Fairclough, Uffe Hellsten, Yoh Isogai, Ivica Letunić, Michael T. Marr, David Pincus, Nicholas H. Putnam, Antonis Rokas, Kevin J. Wright, Richard Zuzow, William Dirks, Matthew C. Good, David Goodstein, Derek Lemons, Wanqing Li, Jessica B. Lyons, Andrea Morris, Scott Nichols, Daniel J. Richter, Asaf Salamov, JGI Sequencing, Peer Bork, Wendell A. Lim, Gerard Manning, W. Todd Miller, William McGinnis, Harris Shapiro, Robert Tjian, Igor V. Grigoriev, Daniel S. Rokhsar

Notice bibliographique

RevueNature · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesLos Alamos National LaboratoryBiological and Environmental ResearchNational Cancer InstituteU.S. Department of EnergyEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentOffice of ScienceLawrence Berkeley National LaboratoryLawrence Livermore National LaboratoryNational Institute of General Medical SciencesCanadian Institute for Advanced ResearchGordon and Betty Moore FoundationNational Human Genome Research Institute
Mots-clésBiologyMulticellular organismGenomeGeneGeneticsENCODEEvolutionary biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Choanoflagellates are the closest known relatives of metazoans. To discover potential molecular mechanisms underlying the evolution of metazoan multicellularity, we sequenced and analysed the genome of the unicellular choanoflagellate Monosiga brevicollis. The genome contains approximately 9,200 intron-rich genes, including a number that encode cell adhesion and signalling protein domains that are otherwise restricted to metazoans. Here we show that the physical linkages among protein domains often differ between M. brevicollis and metazoans, suggesting that abundant domain shuffling followed the separation of the choanoflagellate and metazoan lineages. The completion of the M. brevicollis genome allows us to reconstruct with increasing resolution the genomic changes that accompanied the origin of metazoans. The genome sequence of the marine choanoflagellate Monosiga brevicollis has now been determined. Choanoflagellates are a mainly sessile group of protozoa resembling the 'feeding cells' of sponges, and are considered to be the closest living unicellular relatives of multicellular animals. Comparison of the M. brevicollis sequence with metazoan genomes suggests that the last unicellular ancestor of animals had intron-rich genes, some encoding protein domains characteristically associated with cell adhesion and the extracellular matrix in animals. This organism is strictly unicellular, but other choanoflagellates form colonies and may provide clues as to the origin of cell signalling and other systems in early metazoans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 162
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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