Redefining the structure of the mouse connexin43 gene: selective promoter usage and alternative splicing mechanisms yield transcripts with different translational efficiencies
Notice bibliographique
Résumé
The connexin43 (cx43) gene was originally described as consisting of two exons, one coding for most of the 5'-untranslated region (5'-UTR), and the other for the protein sequence and 3'-UTR. We now report that in mouse four additional exons are expressed, all coding for novel 5'-UTRs. Altogether, we found nine different cx43 mRNA species (GenBank accession numbers NM010288, and AY427554 through AY427561) generated by differential promoter usage and alternative splicing mechanisms. The relative abundance of these different mRNAs varied with the tissue source. In addition, the different transcripts showed varying translational efficiencies in several cell lines, indicating the presence of cis-RNA elements that regulate cx43 translation. We propose that it is the promoter driving the expression of the cx43 gene that determines exon choice in the downstream splicing events in a cell-type-dependent fashion. This in turn will affect the translation efficiency of the transcript orchestrating the events that lead to the final expression profile of cx43. Since a similar organization of the cx43 gene was also observed in rat it is likely that the complex regulation of cx43 expression involving transcription, splicing and translation mechanisms is a common trait conserved during evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».