RNA Sequencing Reveals Differential Expression of Mitochondrial and Oxidation Reduction Genes in the Long-Lived Naked Mole-Rat When Compared to Mice
Notice bibliographique
Résumé
The naked mole-rat (Heterocephalus glaber) is a long-lived, cancer resistant rodent and there is a great interest in identifying the adaptations responsible for these and other of its unique traits. We employed RNA sequencing to compare liver gene expression profiles between naked mole-rats and wild-derived mice. Our results indicate that genes associated with oxidoreduction and mitochondria were expressed at higher relative levels in naked mole-rats. The largest effect is nearly 300-fold higher expression of epithelial cell adhesion molecule (Epcam), a tumour-associated protein. Also of interest are the protease inhibitor, alpha2-macroglobulin (A2m), and the mitochondrial complex II subunit Sdhc, both ageing-related genes found strongly over-expressed in the naked mole-rat. These results hint at possible candidates for specifying species differences in ageing and cancer, and in particular suggest complex alterations in mitochondrial and oxidation reduction pathways in the naked mole-rat. Our differential gene expression analysis obviated the need for a reference naked mole-rat genome by employing a combination of Illumina/Solexa and 454 platforms for transcriptome sequencing and assembling transcriptome contigs of the non-sequenced species. Overall, our work provides new research foci and methods for studying the naked mole-rat's fascinating characteristics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».