Performance and Cost Evaluation of One Commercial andSix In-House Conventional and Real-Time ReverseTranscription-PCR Assays for Detection of Severe AcuteRespiratory SyndromeCoronavirus
Notice bibliographique
Résumé
We evaluated seven reverse transcription-PCR (RT-PCR) assays, including six in-house assays and one commercial assay for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) RNA in clinical specimens. RT-PCR assays targeted different genomic regions and included three conventional assays (one nested and two non-nested) run on a conventional heat block and four real-time assays performed in a LightCycler (LC; Roche Diagnostics). All in-house assays were optimized for assay parameters, including MgCl2, primer, and probe concentrations. The commercial assay was the RealArt HPA CoV RT-PCR assay (Artus), which was run in the LC. Testing serial dilutions of cultured SARS-CoV showed that the analytical sensitivity of the assays ranged from 10(-8) to 10(-6), corresponding to 1 and 100 copies of viral RNA, respectively. Significant differences in analytical sensitivities were observed between assays (P < 0.01, probit regression analysis for 50% sensitivity levels for the top two assays versus the others). Testing 68 clinical specimens (including 17 respiratory tract specimens, 29 urine samples, and 22 stools or rectal swabs) demonstrated that six of the seven assays detected at least 17 of 18 positives (defined as positive in at least two assays), and two of the assays had a sensitivity of 100%. There were no significant differences in sensitivity between the assays (P = 0.5 [Cochrance Q test, least sensitive 15 of 18 versus 18 of 18]). The specificities of the assays ranged from 94.0 to 100% without significant differences (P = 0.25 to 0.5 [McNemar test]). The reagent and technologist cost of performing the in-house PCR assays ranged from $5.46 to $9.81 Canadian dollars (CDN) per test. The commercial assay cost was considerably higher at $40.37 per test. The results demonstrated good performance for all assays, providing laboratories that need to do SARS RNA testing with a choice of assay formats.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».