Letter to the Editor: Comments on a Recent Article by Burgos et al
Notice bibliographique
Résumé
The publication by Burgos et al., 2005Burgos J.M. Ellington B.A. Varela M.F. Presence of multidrug resistant enteric bacteria in dairy farm topsoil.J. Dairy Sci. 2005; 88: 1391-1398Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (47) Google Scholar raises several key issues regarding the use of antimicrobial susceptibility testing that are crucial to the entire study. First, the authors indicate that the 4 antimicrobial agents tested, chloramphenicol, nalidixic acid, tetracycline, and penicillin, were selected due to their widespread use in dairy cattle. Chloramphenicol has been banned from use in food-producing animals in the United States since the early 1980s and nalidixic acid is not used therapeutically in dairy cattle. Penicillin is not particularly active, nor used therapeutically, against the gram-negative enteric bacilli that were tested in the study. Tetracycline is used on dairy farms and, of the 4 compounds tested, the only one of any clinical relevance for the isolates tested. Second, Journal of Dairy Science Instructions to Authors (http://jds.fass.org/cgi/data/88/1/DC1/1) specify that antimicrobial susceptibility testing should be performed using a reproducible, standardized method such as those described by the Clinical and Laboratory Sciences Institute (formerly National Committee for Clinical Laboratory Standards; www.clsi.org). An integral part of any test method is the incorporation of routine quality control testing. Third, interpretive criteria used to categorize isolates as susceptible or resistant are linked to both the test method and the clinical efficacy of the agent. In this paper, the authors used a nonstandard method for determining the minimum inhibitory concentrations (MIC) of isolates, appear not to have performed quality control testing, and used the interpretive criteria from another method to categorize isolates as susceptible or resistant. As such, none of the MIC data or its interpretation as it presently appears in the Burgos et al., 2005Burgos J.M. Ellington B.A. Varela M.F. Presence of multidrug resistant enteric bacteria in dairy farm topsoil.J. Dairy Sci. 2005; 88: 1391-1398Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (47) Google Scholar article meets the Journal of Dairy Science criteria for acceptance. The issues with this paper highlight several key points to consider when performing antimicrobial susceptibility testing. The methods used should be standardized and quality control performed routinely. If interpretive criteria are applied to categorize isolates as susceptible or resistant, the source and relevance of those criteria should be plainly stated in the manuscript. Clearly, readers of the journal should interpret the data presented in the Burgos et al., 2005Burgos J.M. Ellington B.A. Varela M.F. Presence of multidrug resistant enteric bacteria in dairy farm topsoil.J. Dairy Sci. 2005; 88: 1391-1398Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (47) Google Scholar paper carefully and consider the methodological and interpretive errors before citing it elsewhere.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,045 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,040 | 0,031 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,014 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».