Identification of <i>Burkholderia cenocepacia</i> Genes Required for Bacterial Survival In Vivo
Notice bibliographique
Résumé
Burkholderia cenocepacia (formerly Burkholderia cepacia complex genomovar III) causes chronic lung infections in patients with cystic fibrosis. In this work, we used a modified signature-tagged mutagenesis (STM) strategy for the isolation of B. cenocepacia mutants that cannot survive in vivo. Thirty-seven specialized plasposons, each carrying a unique oligonucleotide tag signature, were constructed and used to examine the survival of 2,627 B. cenocepacia transposon mutants, arranged in pools of 37 unique mutants, after a 10-day lung infection in rats by using the agar bead model. The recovered mutants were screened by real-time PCR, resulting in the identification of 260 mutants which presumably did not survive within the lungs. These mutants were repooled into smaller pools, and the infections were repeated. After a second screen, we isolated 102 mutants unable to survive in the rat model. The location of the transposon in each of these mutants was mapped within the B. cenocepacia chromosomes. We identified mutations in genes involved in cellular metabolism, global regulation, DNA replication and repair, and those encoding bacterial surface structures, including transmembrane proteins and cell surface polysaccharides. Also, we found 18 genes of unknown function, which are conserved in other bacteria. A subset of 12 representative mutants that were individually examined using the rat model in competition with the wild-type strain displayed reduced survival, confirming the predictive value of our STM screen. This study provides a blueprint to investigate at the molecular level the basis for survival and persistence of B. cenocepacia within the airways.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».