A community resource of experimental data for <scp>NMR</scp> / <scp>X</scp>‐ray crystal structure pairs
Notice bibliographique
Résumé
We have developed an online NMR / X-ray Structure Pair Data Repository. The NIGMS Protein Structure Initiative (PSI) has provided many valuable reagents, 3D structures, and technologies for structural biology. The Northeast Structural Genomics Consortium was one of several PSI centers. NESG used both X-ray crystallography and NMR spectroscopy for protein structure determination. A key goal of the PSI was to provide experimental structures for at least one representative of each of hundreds of targeted protein domain families. In some cases, structures for identical (or nearly identical) constructs were determined by both NMR and X-ray crystallography. NMR spectroscopy and X-ray diffraction data for 41 of these "NMR / X-ray" structure pairs determined using conventional triple-resonance NMR methods with extensive sidechain resonance assignments have been organized in an online NMR / X-ray Structure Pair Data Repository. In addition, several NMR data sets for perdeuterated, methyl-protonated protein samples are included in this repository. As an example of the utility of this repository, these data were used to revisit questions about the precision and accuracy of protein NMR structures first outlined by Levy and coworkers several years ago (Andrec et al., Proteins 2007;69:449-465). These results demonstrate that the agreement between NMR and X-ray crystal structures is improved using modern methods of protein NMR spectroscopy. The NMR / X-ray Structure Pair Data Repository will provide a valuable resource for new computational NMR methods development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,012 | 0,018 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,012 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,120 | 0,102 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».