Chemical Genomic Profiling for Identifying Intracellular Targets of Toxicants Producing Parkinson's Disease
Notice bibliographique
Résumé
The yeast deletion collection includes approximately 4700 strains deleted for both copies of every nonessential gene. This collection is a powerful resource for identifying the cellular pathways that functionally interact with drugs. In the present study, the complete pool of approximately 4700 barcoded homozygous deletion strains of Saccharomyces cerevisiae were surveyed to identify genes/pathways interacting with 1-methyl-4-phenylpyridinium (MPP(+)) and N,N-dimethyl-4-4-bipiridinium (paraquat), neurotoxicants that can produce Parkinson's disease. Each yeast mutant is molecularly "barcoded" the collections can be grown competitively and ranked for sensitivity by microarray hybridization. Analysis data from these screens allowed us to determine that the multivesicular body pathway is an important element of toxicity induced by both MPP(+) and paraquat. When yeast genes that when deleted showed sensitivity to MPP(+) and paraquat toxicity were analyzed for their homology to human genes, 80% were found to have highly conserved human homologs (with e < 10(-8)). Future work will address if these human genes may also functionally interact with MPP(+) and paraquat toxicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».