Diverging patterns of mitochondrial and nuclear DNA diversity in subarctic black spruce: imprint of a founder effect associated with postglacial colonization
Notice bibliographique
Résumé
High-latitude ecotonal populations at the species margins may exhibit altered patterns of genetic diversity, resulting from more or less recent founder events and from bottleneck effects in response to climate oscillations. Patterns of genetic diversity were investigated in nine populations of the conifer black spruce (Picea mariana [Mill.] BSP.) in northwestern Québec, Canada, using seed-dispersed mitochondrial (mt) DNA and nuclear (nc) DNA. mtDNA diversity (mitotypes) was assessed at three loci, and ncDNA diversity was estimated for nine expressed sequence tag polymorphism (ESTP) loci. Sampling included populations from the boreal forest and the southern and northern subzones of the subarctic forest-tundra, a fire-born ecotone. For ncDNA, populations from all three vegetation zones were highly diverse with little population differentiation (thetaN = 0.014); even the northernmost populations showed no loss of rare alleles. Patterns of mitotype diversity were strikingly different: within-population diversity and population differentiation were high for boreal forest populations [expected heterozygosity per locus (HE) = 0.58 and thetaM = 0.529], but all subarctic populations were fixed for a single mitotype (HE = 0). This lack of variation suggests a founder event caused by long-distance seed establishment during postglacial colonization, consistent with palaeoecological data. The estimated movement of seeds alone (effective number of migrants per generation, NmM < 2) was much restricted compared to that estimated from nuclear variants, which including pollen movement (NmN > 17). This could account for the conservation of a founder imprint in the mtDNA of subarctic black spruce. After reduction, presumably in the early Holocene, the diversity in ncDNA would have been replenished rapidly by pollen-mediated gene flow, and maintained subsequently through vegetative layering during the current cooler period covering the last 3000 years.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».