Evolution of the IS <i>6110-</i> Based Restriction Fragment Length Polymorphism Pattern during the Transmission of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Interpretation of the molecular epidemiological data of Mycobacterium tuberculosis is dependent on the validity of the assumptions that have been made. It is assumed that the IS6110 banding pattern is sufficiently stable to define epidemiological events representing ongoing transmission. However, molecular epidemiological data also support the observation that the IS6110 banding pattern may change over time. Factors affecting this rate may include the nature and duration of disease in a host and the opportunity to experience different host environments during the transmission cycle. To estimate the rate of IS6110 change occurring during the process of transmission, M. tuberculosis isolates from epidemiologically linked patients were genotypically characterized by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. The identification of IS6110 banding pattern changes during ongoing transmission suggested that a rate could be estimated. IS6110 change was significantly associated with strains with >5 IS6110 elements (P = 0.013) and was not observed in low-copy-number isolates. The minimum rate of appearance of variant strains was calculated to be 0.14 variant cases per source-case per year. This data suggest that clustering of isolates based on identical RFLP patterns is expected to underestimate transmission in patients infected with high-copy-number isolates. A model based on the rate of appearance of both variant and invariant strains demonstrates that the genotypically defined population structure may change by 18.6% during the study period of approximately 6.5 years. The implications for the use of RFLP data for epidemiologic study are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».