Oxygen Access to the Active Site of Cholesterol Oxidase through a Narrow Channel Is Gated by an Arg-Glu Pair
Notice bibliographique
Résumé
Cholesterol oxidase is a monomeric flavoenzyme that catalyzes the oxidation and isomerization of cholesterol to cholest-4-en-3-one. Two forms of the enzyme are known, one containing the cofactor non-covalently bound to the protein and one in which the cofactor is covalently linked to a histidine residue. The x-ray structure of the enzyme from Brevibacterium sterolicum containing covalently bound FAD has been determined and refined to 1.7-A resolution. The active site consists of a cavity sealed off from the exterior of the protein. A model for the steroid substrate, cholesterol, can be positioned in the pocket revealing the structural factors that result in different substrate binding affinities between the two known forms of the enzyme. The structure suggests that Glu(475), located at the active site cavity, may act as the base for both the oxidation and the isomerization steps of the catalytic reaction. A water-filled channel extending toward the flavin moiety, inside the substrate-binding cavity, may act as the entry point for molecular oxygen for the oxidative half-reaction. An arginine and a glutamate residue at the active site, found in two conformations are proposed to control oxygen access to the cavity from the channel. These concerted side chain movements provide an explanation for the biphasic mode of reaction with dioxygen and the ping-pong kinetic mechanism exhibited by the enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».