Quantitative analysis of microscopic<scp>X</scp>‐ray computed tomography imaging: Japanese quail embryonic soft tissues with iodine staining
Notice bibliographique
Résumé
Rapid three-dimensional imaging of embryos to better understand the complex process of morphogenesis has been challenging. Recently introduced iodine staining protocols (I2 KI and alcoholic iodine stains) combined with microscopic X-ray computed tomography allows visualization of soft tissues in diverse small organisms and tissue specimens. I2 KI protocols have been developed specifically for small animals, with a limited number of quantitative studies of soft tissue contrasts. To take full advantage of the low X-ray attenuation of ethanol and retain bound iodine while dehydrating the specimen in ethanol, we developed an ethanol I2 KI protocol. We present comparative microscopic X-ray computed tomography analyses of ethanol I2 KI and I2 KI staining protocols to assess the performance of this new protocol to visualize soft tissue anatomy in late stage Japanese quail embryos using quantitative measurements of soft tissue contrasts and sample shrinkage. Both protocols had only 5% shrinkage compared with the original harvested specimen, supporting the use of whole mounts to minimize tissue shrinkage effects. Discrimination within and among the selected organs with each staining protocol and microscopic X-ray computed tomography imaging were comparable to those of a gray scale histological section. Tissue discrimination was assessed using calibrated computed tomography values and a new discrimination index to quantify the degree of computed tomography value overlaps between selected soft tissue regions. Tissue contrasts were dependent on the depth of the tissue within the embryos before the embryos were saturated with each stain solution, and optimal stain saturations for the entire embryo were achieved at 14 and 28 days staining for I2 KI and ethanol I2 KI, respectively. Ethanol I2 KI provided superior soft tissue contrasts by reducing overstaining of fluid-filled spaces and differentially modulating staining of some tissues, such as bronchial and esophageal walls and spinal cord. Delineating the selected soft tissues using optimal threshold ranges derived from the quantitative analyses of the contrast enhancement in optimally stained embryos is possible. The protocols presented here are expected to be applicable to other organisms with modifications to staining time and contribute toward rapid and more efficient segmentation of soft tissues for three-dimensional visualization.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».