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Enregistrement W2150519492 · doi:10.1093/hmg/ddt661

Functional validation of a human CAPN5 exome variant by lentiviral transduction into mouse retina

2013· article· en· W2150519492 sur OpenAlexaff
Katherine J. Wert, Jessica M. Skeie, Alexander G. Bassuk, Alicia K. Olivier, Stephen H. Tsang, Vinit B. Mahajan

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCalpain Protease Function and Regulation
Établissements canadiensColumbia College
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Cancer InstituteNational Eye Institute
Mots-clésBiologyRetinal degenerationRetinitis pigmentosaElectroretinographyHaploinsufficiencyRetinaRetinalMolecular biologyGeneticsPhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Exome sequencing indicated that the gene encoding the calpain-5 protease, CAPN5, is the likely cause of retinal degeneration and autoimmune uveitis in human patients with autosomal dominant neovascular inflammatory vitreoretinopathy (ADNIV, OMIM #193235). To explore the mechanism of ADNIV, a human CAPN5 disease allele was expressed in mouse retinas with a lentiviral vector created to express either the wild-type human (h) CAPN5 or the ADNIV mutant hCAPN5-R243L allele under a rhodopsin promoter with tandem green fluorescent protein (GFP) expression. Vectors were injected into the subretinal space of perinatal mice. Mouse phenotypes were analyzed using electroretinography, histology and inflammatory gene expression profiling. Mouse calpain-5 showed high homology to its human ortholog with >98% sequence identity that includes the ADNIV mutant residue. Calpain-5 protein was expressed in the inner and outer segments of the photoreceptors and in the outer plexiform layer. Expression of the hCAPN5-R243L allele caused loss of the electroretinogram b-wave, photoreceptor degeneration and induction of immune cell infiltration and inflammatory genes in the retina, recapitulating major features of the ADNIV phenotype. Intraocular neovascularization and fibrosis were not observed during the study period. Our study shows that expression of the hCAPN5-R243L disease allele elicits an ADNIV-like disease in mice. It further suggests that ADNIV is due to CAPN5 gain-of-function rather than haploinsufficiency, and retinal expression may be sufficient to generate an autoimmune response. Genetic models of ADNIV in the mouse can be used to explore protease mechanisms in retinal degeneration and inflammation as well as preclinical therapeutic testing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations37
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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