Genetic variation in stromal proteins decorin and lumican with breast cancer: investigations in two case-control studies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction The stroma is the supportive framework of biologic tissue in the breast, consisting of various proteins such as the proteoglycans, decorin and lumican. Altered expression of decorin and lumican is associated with breast tumors. We hypothesized that genetic variation in the decorin (DCN) and lumican (LUM) genes may contribute to breast cancer. Methods We investigated associations of 14 common polymorphisms in the DCN and LUM genes with 798 breast cancer cases and 843 controls from Mayo Clinic, MN, USA. One polymorphism per gene with the strongest risk association in the Mayo Clinic sample was genotyped in 4,470 breast cancer cases and 4,560 controls from East Anglia, England (Studies of Epidemiology and Risk Factors in Cancer Heredity (SEARCH)). Results In the Mayo Clinic sample, six polymorphisms were associated with breast cancer risk (Ptrend ≤ 0.05). The association with LUM rs2268578, evaluated further in SEARCH, was positive, although the odds ratios (OR) were weaker and not statistically significant. ORs were 1.4 (95% confidence interval [CI], 1.1 to 1.8) for heterozygotes and 2.2 (95% CI, 1.1 to 4.3; P2 df = 0.002) for homozygotes in the Mayo Clinic sample, and were 1.1 (95% CI, 0.9 to 1.2) for heterozygotes and 1.4 (95% CI, 1.0 to 2.1; P2 df = 0.13) for homozygotes in the SEARCH sample. In combined analyses, the ORs were 1.1 (95% CI, 1.0 to 1.2) for heterozygotes and 1.6 (95% CI, 1.2 to 2.3; P2 df = 0.005) for homozygotes. Positive associations for this polymorphism were observed for estrogen receptor-positive tumors in both the Mayo Clinic sample (OR for heterozygotes = 1.5, 1.1 to 1.9 and OR for homozygotes = 2.5, 1.2 to 5.3;P2 df = 0.001) and the SEARCH sample (OR for heterozygotes = 1.0, 0.9 to 1.1 and OR for homozygotes = 1.6, 1.0 to 2.5; P2 df = 0.10). In combined analyses, the ORs were 1.1 (95% CI, 0.9 to 1.2) for heterozygotes and 1.9 (95% CI, 1.3 to 2.8; P2 df = 0.001) for homozygotes. Conclusions Although LUM rs2268578 was associated with breast cancer in the Mayo Clinic study, particularly estrogen receptor-positive breast cancer, weaker and modest associations were observed in the SEARCH sample. These modest associations will require larger samples to adequately assess the importance of this polymorphism in breast cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».