Endophytic microbial diversity in coffee cherries of<i>Coffea arabica</i>from southeastern Brazil
Notice bibliographique
Résumé
The microbiota associated with coffee plants may play a critical role in the final expression of coffee quality. However, the microbial diversity in coffee cherries is still poorly characterized. Here, we investigated the endophytic diversity in cherries of Coffea arabica by using culture-independent approaches to identify the associated microbes, ultimately to better understand their ecology and potential role in determining coffee quality. Group-specific 16S rRNA and 26S rRNA genes polymerase chain reaction - denaturing gradient gel electrophoresis and clone library sequencing showed that the endophytic community is composed of members of the 3 domains of life. Bacterial sequences showing high similarity with cultured and uncultured bacteria belonged to the Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Firmicutes phyla. Phylogenetic analyses of cloned sequences from Firmicutes revealed that most sequences fell into 3 major genera: Bacillus, Staphylococcus, and Paenibacillus. Archaeal sequences revealed the presence of operational taxonomic units belonging to Euryarchaeota and Crenarchaeota phyla. Sequences from endophytic yeast were not recovered, but various distinct sequences showing high identity with filamentous fungi were found. There was no obvious correlation between the microbial composition and cultivar or geographic location of the coffee plant. To the best of our knowledge, this is the first report demonstrating internal tissue colonization of plant fruits by members of the Archaea domain. The finding of archaeal small-subunit rRNA in coffee cherries, although not sufficient to indicate their role as active endophytes, certainly expands our perspectives toward considering members of this domain as potential endophytic microbes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».