Reporter mRNAs cleaved by Rnt1p are exported and degraded in the cytoplasm
Notice bibliographique
Résumé
For most protein coding genes, termination of transcription by RNA polymerase II is preceded by an endonucleolytic cleavage of the nascent transcript. The 3' product of this cleavage is rapidly degraded via the 5' exoribonuclease Rat1p which is thought to destabilize the RNA polymerase II complex. It is not clear whether RNA cleavage is sufficient to trigger nuclear RNA degradation and transcription termination or whether the fate of the RNA depends on additional elements. For most mRNAs, this cleavage is mediated by the cleavage and polyadenylation machinery, but it can also be mediated by Rnt1p. We show that Rnt1p cleavage of an mRNA is not sufficient to trigger nuclear degradation or transcription termination. Insertion of an Rnt1p target site into a reporter mRNA did not block transcription downstream of the cleavage site, but instead produced two unstable cleavage products, neither of which were stabilized by inactivation of Rat1p. In contrast, the 3' and 5' cleavage products were stabilized by the deletion of the cytoplasmic 5' exoribonuclease (Xrn1p) or by inactivation of the cytoplasmic RNA exosome. These data indicate that transcription termination and nuclear degradation is not the default fate of cleaved RNAs and that specific promoter and/or sequence elements are required to determine the fate of the cleavage products.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».