Mitochondrial phylogenomics of the Bivalvia (Mollusca): searching for the origin and mitogenomic correlates of doubly uniparental inheritance of mtDNA
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Doubly uniparental inheritance (DUI) is an atypical system of animal mtDNA inheritance found only in some bivalves. Under DUI, maternally (F genome) and paternally (M genome) transmitted mtDNAs yield two distinct gender-associated mtDNA lineages. The oldest distinct M and F genomes are found in freshwater mussels (order Unionoida). Comparative analyses of unionoid mitochondrial genomes and a robust phylogenetic framework are necessary to elucidate the origin, function and molecular evolutionary consequences of DUI. Herein, F and M genomes from three unionoid species, Venustaconcha ellipsiformis, Pyganodon grandis and Quadrula quadrula have been sequenced. Comparative genomic analyses were carried out on these six genomes along with two F and one M unionoid genomes from GenBank (F and M genomes of Inversidens japanensis and F genome of Lampsilis ornata). RESULTS: Compared to their unionoid F counterparts, the M genomes contain some unique features including a novel localization of the trnH gene, an inversion of the atp8-trnD genes and a unique 3'coding extension of the cytochrome c oxidase subunit II gene. One or more of these unique M genome features could be causally associated with paternal transmission. Unionoid bivalves are characterized by extreme intraspecific sequence divergences between gender-associated mtDNAs with an average of 50% for V. ellipsiformis, 50% for I. japanensis, 51% for P. grandis and 52% for Q. quadrula (uncorrected amino acid p-distances). Phylogenetic analyses of 12 protein-coding genes from 29 bivalve and five outgroup mt genomes robustly indicate bivalve monophyly and the following branching order within the autolamellibranch bivalves: ((Pteriomorphia, Veneroida) Unionoida). CONCLUSION: The basal nature of the Unionoida within the autolamellibranch bivalves and the previously hypothesized single origin of DUI suggest that (1) DUI arose in the ancestral autolamellibranch bivalve lineage and was subsequently lost in multiple descendant lineages and (2) the mitochondrial genome characteristics observed in unionoid bivalves could more closely resemble the DUI ancestral condition. Descriptions and comparisons presented in this paper are fundamental to a more complete understanding regarding the origins and consequences of DUI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».