Dramatically reduced spliceosome in <i>Cyanidioschyzon merolae</i>
Notice bibliographique
Résumé
The human spliceosome is a large ribonucleoprotein complex that catalyzes pre-mRNA splicing. It consists of five snRNAs and more than 200 proteins. Because of this complexity, much work has focused on the Saccharomyces cerevisiae spliceosome, viewed as a highly simplified system with fewer than half as many splicing factors as humans. Nevertheless, it has been difficult to ascribe a mechanistic function to individual splicing factors or even to discern which are critical for catalyzing the splicing reaction. We have identified and characterized the splicing machinery from the red alga Cyanidioschyzon merolae, which has been reported to harbor only 26 intron-containing genes. The U2, U4, U5, and U6 snRNAs contain expected conserved sequences and have the ability to adopt secondary structures and form intermolecular base-pairing interactions, as in other organisms. C. merolae has a highly reduced set of 43 identifiable core splicing proteins, compared with ∼90 in budding yeast and ∼140 in humans. Strikingly, we have been unable to find a U1 snRNA candidate or any predicted U1-associated proteins, suggesting that splicing in C. merolae may occur without the U1 small nuclear ribonucleoprotein particle. In addition, based on mapping the identified proteins onto the known splicing cycle, we propose that there is far less compositional variability during splicing in C. merolae than in other organisms. The observed reduction in splicing factors is consistent with the elimination of spliceosomal components that play a peripheral or modulatory role in splicing, presumably retaining those with a more central role in organization and catalysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».