GLARE: A New Approach for Filtering Large Reagent Lists in Combinatorial Library Design Using Product Properties
Notice bibliographique
Résumé
We present a novel computer algorithm, called GLARE (Global Library Assessment of REagents), that addresses the issue of optimal reagent selection in combinatorial library design. This program reduces or eliminates the time a medicinal chemist spends examining reagents which a priori cannot be part of a "good" library. Our approach takes the large reagent sets returned by standard chemical database queries and produces often considerably reduced reagent sets that are well-behaved with respect to a specific template. The pruning enforces "goodness" constraints such as the Lipinski rule of five on the product properties such that any reagent selection from the resulting sets produces only "good" products. The algorithm we implemented has three important features: (i) As opposed to genetic algorithms or other stochastic algorithms, GLARE uses a deterministic greedy procedure that smoothly filters out nonviable reagents. (ii) The pruning method can be biased to produce reagent sets with a balanced size, conserving proportionally more reagents in smaller sets. (iii) For very large combinatorial libraries, a partitioning scheme allows libraries as large as 10(12) to be evaluated in 0.25 s on an IBM AMD Opteron processor. This algorithm is validated on a diverse set of 12 libraries. The results that we obtained show an excellent compliance to the product property requirements and very fast timings.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».