Species-specific single nucleotide polymorphism markers for detecting hybridization and introgression in poplarThis article is one of a selection of papers published in the Special Issue on Poplar Research in Canada.
Notice bibliographique
Résumé
The increasing use of exotic and hybrid poplar species in forestry and the lack of genetic barriers between most poplar species may present a risk to the genetic integrity of native poplar species. To monitor any spontaneous hybridization and (or) introgression from exotics into native species, it is essential to have a system for the quick and reliable identification of species. We developed a set of single nucleotide polymorphism (SNP) markers that allows the distinction between five commercially important species of poplar ( Populus balsamifera L., Populus deltoides Marsh., Populus trichocarpa Toor. ex Gray, Populus nigra L., and Populus maximowiczii Henry) and their hybrids. Six genomic regions spanning 6.1 kb were screened at the DNA sequence level to search for discriminating SNPs among the five species. A total of 245 SNPs and indels were found, 86 of which were species specific. A subset of 12 species-specific SNPs was chosen for use with high-throughput SNPstream technology. In addition, 32 species-specific SNPs and indels were found that can be assayed using restriction enzymes. Application of the developed markers to a set of hybrid clones showed that the markers are not only useful for monitoring introgression but also for the verification of breeding material.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».