Abstract 17763: Multiple Reaction Monitoring-Based, Multiplexed, Absolute Quantitation of 82 Putative Biomarkers of Cardiovascular Disease in Human Plasma
Notice bibliographique
Résumé
Multiplexed biomarker expression profiling of clinical samples can be achieved in a rapid and targeted fashion using mass spectrometry-based multiple reaction monitoring (MRM) quantitation. For this project, a mixture of ~230 peptides standards was created to permit absolute quantitation of 82 putative biomarkers of cardiovascular disease, in human plasma trypsin digests. All experiments were performed on simple tryptic digests of human EDTA-plasma without prior affinity depletion or enrichment. Synthetic purified stable isotope-labeled standard peptides (SIS peptides) were added to the samples after tryptic digestion. For maximum specificity, a high-flow system using UPLC and an Agilent 6490 triple quadrupole mass spectrometer, equipped with an ion-funnel sprayer, were used. Instrumental parameters were empirically determined in order to generate the most abundant precursor ions and ion fragments. The narrow UPLC peak shapes and reproducible retention times assisted in the development of the highly-multiplexed system by increasing the chromatographic “space”. In addition, the larger id column, with a larger amount of packing material, also provided increased “robustness” of the overall system, as demonstrated by 110 analyses of the same sample with no loss of sensitivity or retention time accuracy. Linear responses and lowest limits of quantitation were obtained for all proteins. Sensitivities using the new system were in the low attomole range demonstrating that the high-flow system, which allowed loading more protein digest onto the column, more than compensated for any reduction in electrospray ionization efficiency caused by the higher flow rate. Concentrations of individual peptide standards in the mixture were optimized to approximate endogenous concentrations of analytes for the highest quantitation accuracy. The analytical precision was assessed for each protein assay from LC-MRM/MS analyses performed on 3 different days on different batches of plasma tryptic digests, and was found to be within 10%. Concentrations of proteins were compared to reported literature values. This method, with the same mixture of internal standards, is now being used for the plasma protein expression profiling of cardiovascular disease patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».