Novel Genes Affecting Urease Activity in<i>Actinobacillus pleuropneumoniae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Characterization of a series of urease-negative transposon mutations of Actinobacillus pleuropneumoniae revealed that many of the mutants had insertions 2 to 4 kbp upstream of the urease gene cluster. A 5-kbp upstream region of DNA was sequenced and found to contain six open reading frames (ORFs) transcribed in the same orientation as the urease genes. As well, a partial ORF, apuR, 202 bp upstream of these six ORFs, is transcribed in the opposite orientation. The predicted product of this partial ORF shows homology with many members of the LysR family of transcriptional regulators. Five of the ORFs (cbiKLMQO) appear to form an operon encoding a putative nickel and cobalt periplasmic permease system. The cbiM and cbiQ genes encode proteins that have sequence similarity with known cobalt transport membrane proteins, and the cbiO gene encodes a cobalt transport ATP-binding protein homologue. The product of the cbiK gene is predicted to be the periplasmic-binding-protein component of the system, though it does not show any sequence similarity with CbiN, the cobalt-binding periplasmic protein. Escherichia coli clones containing this putative transport operon together with the urease genes of A. pleuropneumoniae were urease positive when grown in unsupplemented Luria-Bertani broth, whereas a clone containing only the minimal urease gene cluster required the addition of high concentrations of NiCl(2) for full urease activity. This result supports the hypothesis that nickel is a substrate for this permease system. The sixth ORF, utp, appears to encode an integral membrane protein which has significant sequence identity with mammalian urea transport proteins, though its function in A. pleuropneumoniae remains to be determined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».