A theoretical study of the possible use of electroosmotic flow to extend the read length of DNA sequencing by end‐labeled free solution electrophoresis
Notice bibliographique
Résumé
End-labeled free solution electrophoresis (ELFSE) provides a means of separating DNA with free-solution CE, eliminating the need for gels and polymer solutions which increase the run time and can be difficult to load into a capillary. In free-solution electrophoresis, DNA is normally free-draining and all fragments reach the detector at the same time, whereas ELFSE uses an uncharged label molecule attached to each DNA fragment in order to render the electrophoretic mobility size-dependent. With ELFSE, however, the larger molecules are not separated enough (limiting the read length in the case of ssDNA sequencing) while the smaller ones are overseparated; the larger ones are too fast while the shorter ones are too slow, which is the opposite of traditional gel-based methods. In this article, we show how an EOF could be used to overcome these problems and extend the DNA sequencing read length of ELFSE. This counterflow would allow the larger, previously unresolved molecules more time to separate and thereby increase the read length. Through our theoretical investigation, we predict that an EOF mobility of approximately the same magnitude as that of unlabeled DNA would provide the best results for the regime where all molecules move in the same direction. Even better resolution would be possible for smaller values of EOF which allow different directions of migration; however, the migration times then would become too large. The flow would need to be well controlled since the gain in read length decreases as the magnitude of the counterflow increases; an EOF mobility double that of unlabeled DNA would no longer increase the read length, although ELFSE would still benefit from a reduction in migration time.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».