Comparative Analysis of Mobilizable Genomic Islands
Notice bibliographique
Résumé
Mobilizable genomic islands (MGIs) are small genomic islands of less than 35 kbp containing an integrase gene and a sequence that resembles the origin of transfer (oriT) of an integrating conjugative element (ICE). MGIs have been shown to site-specifically integrate and excise from the chromosome of bacterial hosts and hijack the conjugative machinery of a coresident ICE to disseminate. To date, MGIs have been described in three strains belonging to three different Vibrio species. In this study, we report the discovery of 11 additional putative MGIs found in various species of Vibrio, Alteromonas, Pseudoalteromonas, and Methylophaga. We designed an MGI capture system that allowed us to relocate chromosomal MGIs onto a low-copy-number plasmid and facilitate their isolation and sequencing. Comparative genomics and phylogenetic analyses of these mobile genetic elements revealed their mosaic structure and their evolution through recombination and acquisition of exogenous DNA. MGIs were found to belong to a larger family of genomic islands (GIs) sharing a similar integrase gene and often integrated into the same integration site yet exhibiting a different mechanism of regulation of excision and mobilization. We found that MGIs can excise only when an ICE of the SXT/R391 family is coresident in the same cell, while GIs still excise regardless.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».