Widespread, ecologically relevant genetic markers developed from association mapping of climate‐related traits in Sitka spruce (<i>Picea sitchensis</i>)
Notice bibliographique
Résumé
• Genecological studies in widespread tree species have revealed steep genetic clines along environmental gradients for climate-related traits. In a changing climate, the ecological and economic importance of conifers necessitates an appraisal of how molecular genetic variation shapes quantitative trait variation, and one of the most promising approaches to answer this question is association mapping. • We phenotyped a wide collection of 410 individuals of the widely distributed conifer Sitka spruce rangewide (Picea sitchensis) for budset timing and autumn cold hardiness, and genotyped these individuals for a panel of 768 single nucleotide polymorphisms (SNPs) representing > 200 expressed nuclear genes. • After correcting for population structure, associations were detected in 28 of the candidate genes, which cumulatively explained 28 and 34% of the phenotypic variance in cold hardiness and budset, respectively. Most notable among the associations were five genes putatively involved in light signal transduction, the key pathway regulating autumn growth cessation in perennials. Many SNPs with phenotypic associations were also correlated with at least one climate variable. • This study represents a significant step toward the goal of characterizing the genomic basis of adaptation to local climate in conifers, and provides an important resource for breeding and conservation genetics in a changing climate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».