Molecular dynamics study on the folding and metallation of the individual domains of metallothionein
Notice bibliographique
Résumé
De novo synthesis of metallothionein (MT) initially forms the metal-free protein, which must, in a posttranslational reaction, coordinate metal ions via the cysteine sulfur ligands to form the fully folded protein structure. In this article, we use molecular dynamics (MD) and molecular mechanics (MM) to investigate the metal-dependent folding steps of the individual domains of recombinant human metallothionein (MT). The divalent metals were removed sequentially from the metal-sulfur M4(Scys)11 and M3(Scys)9 clusters within the alpha- and beta- domains of MT, respectively, after protonation of the previously coordinating sulfurs. With each of the four (alpha) or three (beta) sites defined, an order of metal release could be determined on the basis of a comparison of the strain energies for each combination by selecting the lowest energy demetallated conformations. The effect of an additional noninteracting, 34-residue peptide sequence on the demetallation order was assessed when bound to either the N- or C-termini of the individual domain fragments to identify the differences in cluster stability between one- and two-domain proteins. The N-terminal-bound peptide had no effect on the order of metal removal; however, addition to the C-terminus significantly altered the sequence. The number of hydrogen bonds was calculated for each energy-minimized demetallated structure and was increased on metal removal, indicating a possible stabilization mechanism for the protein structure via a hydrogen-bonding network. On complete demetallation, the cysteinyl sulfurs were shown to move to the exterior surface of the peptide chain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».