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Enregistrement W2153119855 · doi:10.1128/jb.01875-07

Glucosamine Found as a Substituent of Both Phosphate Groups in<i>Bordetella</i>Lipid A Backbones: Role of a BvgAS-Activated ArnT Ortholog

2008· article· en· W2153119855 sur OpenAlexafffund
Nico Marr, Alina Tîrşoaga, Didier Blanot, Rachel C. Fernandez, Martine Caroff

Notice bibliographique

RevueJournal of Bacteriology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueBacterial Infections and Vaccines
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésLipid ABiologyBordetellaBordetella pertussisBiochemistryGlucosamineMicrobiologyBacteriaGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Endotoxins are amphipathic lipopolysaccharides (LPSs), major constituents of the outer membrane of gram-negative bacteria. They consist of a lipid region, covalently linked to a core oligosaccharide, to which may be linked a repetitive glycosidic chain carrying antigenic determinants. Most of the biological activities of endotoxins have been associated with the lipid moiety of the molecule: unique to gram-negative bacteria, LPS is a ligand of the mammalian TLR4-MD2-CD14 pathogen recognition receptor complex. Lipid A preparations are often heterogeneous with respect to both the numbers and the lengths of fatty acids and the natures of substituents on the phosphate groups when present. The variants can significantly affect host immune responses. Nine species in the Bordetella genus have been described, and the fine LPS structures of seven of them have been published. In this report, lipids A from Bordetella pertussis Tohama I and B. bronchiseptica strain 4650 were further characterized and revealed to have a glucosamine substituting both lipid A phosphate groups of the diglucosamine backbone. These substitutions have not been previously described for bordetellae. Moreover, a B. pertussis transposon mutation that maps within a gene encoding a Bordetella ArnT (formerly PmrK) glycosyl transferase ortholog does not carry this substitution, thus providing a genetic basis for the modification. Reverse transcriptase PCR of this locus showed that it is Bvg regulated, suggesting that the ability of Bordetella to modify lipid A via this glucosamine modification is a potential virulence trait.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,484
Score d'incertitude au seuil0,859

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations63
Publié2008
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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