<i>Runx1</i> is a tumor suppressor gene in the mouse gastrointestinal tract
Notice bibliographique
Résumé
The Runx1 transcription factor plays an important role in tissue homeostasis through its effects on stem/progenitor cell populations and differentiation. The effect of Runx1 on epithelial differentiation of the secretory cell lineage of the colon was recently demonstrated. This study aimed to examine the role of Runx1 in tumor development in epithelial cells of the gastrointestinal tract. Conditional knockout mice that lacked Runx1 expression in epithelial cells of the GI tract were generated. These mice were crossed onto the Apc(Min) background, killed and their intestinal tumor phenotypes were compared with Apc(Min) Runx1 wild-type control mice. Apc-wild-type Runx1-mutant mice were also examined for tumor development. Colons from Runx1 knockout and wild-type mice were used for genome-wide mRNA expression analyses followed by gene-specific quantitative RT-PCR of whole colon and colon epithelium to identify Runx1 target genes. Runx1 deficiency in intestinal epithelial cells significantly enhanced tumorigenesis in Apc(Min) mice. Notably, epithelial Runx1 deficiency in Apc-wild-type mice was sufficient to cause tumor development. Absence of Runx1 was associated with global changes in the expression of genes involved in inflammation and intestinal metabolism, and with gene sets indicative of a metastatic phenotype and poor prognosis. Gene-specific analysis of Runx1-deficient colon epithelium revealed increased expression of genes linked to an expansion of the stem/progenitor cell population. These results identify Runx1 as a novel tumor suppressor gene for gastrointestinal tumors and support a role for Runx1 in maintaining the balance between the intestinal stem/progenitor cell population and epithelial differentiation of the GI tract.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».