Sparsely populated folding intermediates of the Fyn SH3 domain: Matching native-centric essential dynamics and experiment
Notice bibliographique
Résumé
A complete description of how a protein folds requires the characterization of intermediate conformations traversed during the folding transition. We have calculated dynamics trajectories of a simplified model of the Fyn SH3 domain with a native-centric potential energy function. Analysis of the resulting site-resolved energy trajectory identifies an ensemble of intermediate conformations for folding and another for unfolding. The model's folding intermediate is structured in the three beta-strands that make up the protein's core and is strikingly similar to intermediates detected in a recent NMR study of Fyn SH3 folding and to folding transition states elucidated in mutagenesis studies of SH3 domains. The unfolding intermediate is formed by dissociation of the folded protein's two terminal beta-strands from its core. The presence of such an intermediate is consistent with the results of a protein-engineering study on the src SH3 domain showing that these strands separate before the rate-limiting step of unfolding. Despite the presence of these conformations intermediate between the native and fully unfolded states, the computed heat capacity vs. temperature profile of the model protein indicates that its thermodynamics satisfies the usual calorimetric criterion for two-state folding. This observation highlights the fact that, if not properly interpreted, methods such as calorimetry that do not probe multiple sites in a molecule can lead to an oversimplified view of folding. The close agreement between results from this simplified model and experimental work underscores the important contributions that computational methods can make in providing insights into protein folding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».