Alternative Splicing Variant of Kallikrein-Related Peptidase 8 as an Independent Predictor of Unfavorable Prognosis in Lung Cancer
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A relatively unexplored area for biomarker identification is alternative splice variants. We undertook this study to evaluate the usefulness of mRNA isoforms encoded by the KLK8 (kallikrein-related peptidase 8) gene as prognostic markers for lung cancer. METHODS: Real-time reverse-transcription PCR was used to analyze the mRNAs encoded by KLK8 (particularly 2 mRNA splice variants, KLK8-T3 and KLK8-T4) in 60 non-small-cell lung cancer (NSCLC) tumors and in paired unaffected tissues. The ratios of these mRNAs to those encoded by the KLK5, KLK6, KLK7, KLK10, KLK11, KLK13, and KLK14 genes were also determined and analyzed for correlations with various clinicopathologic variables. RESULTS: KLK8-T3 and KLK8-T4 were the most abundant of the 6 mRNA isoforms identified in lung tissues. The overall expression of the KLK8 gene and the amounts of the KLK8-T3 and KLK8-T4 mRNAs were significantly increased in lung tumor tissue (P < 0.0001). Univariate survival analysis revealed significant relationships of the relative concentrations of mRNA splice variants KLK8 (P = 0.043), KLK8-T3 (P = 0.037), and KLK8-T4 (P = 0.009) with overall survival (OS). Cox multivariate analysis indicated that the amount of KLK8-T4 mRNA was an independent prognostic factor for OS (relative risk = 3.90; P = 0.016) and that high KLK8-T4/KLK7, KLK8-T4/KLK10, and KLK8-T4/KLK11 mRNA ratios in NSCLC indicated increased risk of death. The increase was approximately 5-fold for the KLK8-T4/KLK7 and KLK8-T4/KLK10 ratios (P = 0.006, and P = 0.011, respectively) and 8-fold for the KLK8-T4/KLK11 ratio (P = 0.001). CONCLUSIONS: The KLK8-T4 alternative splice variant, alone or in combination, may be a new independent marker of unfavorable prognosis in lung cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».