A Lentiviral Functional Proteomics Approach Identifies Chromatin Remodeling Complexes Important for the Induction of Pluripotency
Notice bibliographique
Résumé
Protein complexes and protein-protein interactions are essential for almost all cellular processes. Here, we establish a mammalian affinity purification and lentiviral expression (MAPLE) system for characterizing the subunit compositions of protein complexes. The system is flexible (i.e. multiple N- and C-terminal tags and multiple promoters), is compatible with Gateway cloning, and incorporates a reference peptide. Its major advantage is that it permits efficient and stable delivery of affinity-tagged open reading frames into most mammalian cell types. We benchmarked MAPLE with a number of human protein complexes involved in transcription, including the RNA polymerase II-associated factor, negative elongation factor, positive transcription elongation factor b, SWI/SNF, and mixed lineage leukemia complexes. In addition, MAPLE was used to identify an interaction between the reprogramming factor Klf4 and the Swi/Snf chromatin remodeling complex in mouse embryonic stem cells. We show that the SWI/SNF catalytic subunit Smarca2/Brm is up-regulated during the process of induced pluripotency and demonstrate a role for the catalytic subunits of the SWI/SNF complex during somatic cell reprogramming. Our data suggest that the transcription factor Klf4 facilitates chromatin remodeling during reprogramming.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».