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Enregistrement W2153768521 · doi:10.1139/g04-097

Induction of wheat defense and stress-related genes in response to<i>Fusarium graminearum</i>

2005· article· en· W2153768521 sur OpenAlexvenueno aff
Lingrang Kong, Joseph M. Anderson, H. W. Ohm

Notice bibliographique

RevueGenome · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueMycotoxins in Agriculture and Food
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesPurdue UniversityU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBiologySuppression subtractive hybridizationComplementary DNAFusariumGenecDNA libraryGlumeGeneticsExpressed sequence tagMolecular biologyBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Fusarium head blight (FHB), caused by species of the fungus Fusarium, is a worldwide disease of wheat (Triticum aestivum L.). The Chinese T. aestivum 'Ning7840' is one of few wheat cultivars with resistance to FHB. To identify differentially expressed genes corresponding to FHB resistance, a cDNA library was constructed using pooled mRNA isolated from glumes of 'Ning7840' harvested at 2, 6, 12, 24, 36, 72, and 96 h after inoculation (hai) with a conidia spore suspension of Fusarium graminearum. Suppressive subtractive hybridization (SSH) cDNA subtraction was carried out using pooled glume mRNAs from the tester and the control. The cDNA library was differentially screened using the forward subtracted cDNAs and the reverse subtracted cDNAs as probes. Twenty-four clones with significant matches to either plant (16 sequences) or fungal (8 sequences) genes were isolated based on their specific hybridization with forward subtracted cDNA and not reverse subtracted cDNA. Six putative defense-related genes were confirmed by real-time quantitative reverse-transcriptase PCR. Many-fold higher induction of three clones (A3F8, B10H1, and B11H3) in the resistant genotypes compared with susceptible genotypes indicates a putative role in the resistance response to Fusarium graminearum. Transcript accumulations of P450, chitinase (Chi1), and one unknown gene (clone B8Q9) in both resistant and susceptible genotypes suggest an involvement in a generalized resistance response to F. graminearum. Nucleotide sequence analysis showed that cDNA clone A4C6 encodes a cytochrome P450 gene (CYP709C3v2), including 14 N-terminal amino acids that have a membrane-associated helical motif. Other domains characteristic of eukaryotic P450 are also present in CYP709C3v2. The deduced polypeptide of cDNA clone B2H2 encodes an acidic isoform of class I chitinase containing a 960-bp coding region. Southern hybridization using aneuploid lines of T. aestivum 'Chinese Spring' indicated that CYP709C3v2 was located on the short arm of chromosomes 2B and 2D.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,203
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations120
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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