Base Stacking Configuration is a Major Determinant of Excited State Dynamics in A.T DNA and LNA
Notice bibliographique
Résumé
Base stacking plays an important role in excited state dynamics in polynucleotides.However, it is poorly understood how stacking geometries influence the formation of and relaxation from excites states.Natural poly(dA)•poly(dT) adopts a B-form structure with extensive geometrical overlap between adjacent stacked adenines while the synthetic, locked ribose analogue (LNA), adopts the A-form structure where such overlap between adjacent adenines is reduced.We have used pump-probe transient absorption measurements on DNA and LNA, with excitation at 260 nm and absorption monitored at 440 and 260 nm, to examine the differences in excited state dynamics in B-and A-form conformations.We observed slow decay times, both early and late stage, from the excited states of B-form and fast decay times from the excited states of analogous homopolymeric A-form structures.Within similar conformations, relaxation times are dependent on the number of stacked adenines as determined by either chain length or sequence.An increase in excited state lifetimes with increase in the number of stacked adenines shows that these excited states can be delocalized over several bases.Thus excited state lifetimes are highly dependent on how the bases are stacked.We conclude from our results that, for identical sequences, conformations that exhibit a high degree of adenine base overlap favor initial cooperative excitation as well as subsequent evolution to delocalized excited states, but hinder the formation of out-of-plane geometries required for fast relaxation to the electronic ground state thus prolonging excited state lifetimes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».