Low Variation in a Y‐Chromosomal Growth Hormone Pseudogene Relative to its Functional Autosomal Progenitor Gene in Chinook Salmon
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Most fish species do not have single‐chromosome‐based sex determination or display cytologically distinguishable sex chromosomes. The selective forces acting on homologous sequences in diploid autosomal versus haploid sex‐chromosomal regions are expected to be distinct and thus to differentially influence genetic variation. In Chinook Salmon Oncorhynchus tshawytscha, the Y chromosome possesses a growth hormone pseudogene (ghp) that is linked to the sex‐determination locus and is derived from the functional autosomal growth hormone 2 gene (gh2). Thus, examining these two paralogues provides a model with which to study the forces affecting the persistence of genetic variation between sex‐linked and autosomal loci among individuals in Chinook Salmon populations. We characterized single‐nucleotide polymorphisms in a 1.6‐kb contiguous homologous region in gh2 and ghp in 315 individuals from 19 Chinook Salmon populations ranging from Russia to Alaska, British Columbia, and California. The ghp sequence was highly similar among individuals and populations, with variant haplotypes being detected in only 5.4% of individuals and restricted to just two populations. In contrast, gh2 variants from the most common haplotype were found in 46.7% of individuals. We detected more sites of variation in ghp (nine positions, five haplotypes) than in gh2 (three positions, five haplotypes), but these were restricted to just four genotypes for ghp, compared with nine for gh2. Selection may have caused a single Y chromosome to become fixed among most populations in this species, while the variation at the gh2 locus is maintained under diploid autosomal conditions. Since the ghp locus variants are not likely to be directly associated with strong functions, other linked Y‐chromosomal loci may have important functions that, when selected, cause Y chromosomes to either be damaged and rapidly eliminated or to have enhanced fitness and sweep through the species. Whether such loci include the sex‐determination locus itself or other functional loci is not yet known.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».