DNA barcodes successfully identified Macaronesian <i>Lotus</i> (Leguminosae) species within early diverged lineages of Cape Verde and mainland Africa
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Plant DNA barcoding currently relies on the application of a two-locus combination, matK + rbcL. Despite the universality of these two gene regions across plants, it is suspected that this combination might not have sufficient variation to discriminate closely related species. In this study, we tested the performance of this two-locus plant barcode along with the additional plastid regions trnH-psbA, rpoC1 and rpoB and the nuclear region internal transcribed spacer (nrITS) in a group of 38 species of Lotus from the Macaronesian region. The group has radiated into the five archipelagos within this region from mid-Miocene to early Pleistocene, and thus provides both early divergent and recent radiations that pose a particularly difficult challenge for barcoding. The group also has 10 species considered under different levels of conservation concern. We found different levels of species discrimination depending on the age of the lineages. We obtained 100 % of the species identification from mainland Africa and Cape Verde when all six regions were combined. These lineages radiated >4.5 Mya; however, in the most recent radiations from the end of the Pliocene to the mid-Pleistocene (3.5-1.5 Mya), only 30 % of the species were identified. Of the regions examined, the intergenic region trnH-psbA was the most variable and had the greatest discriminatory power (18 %) of the plastid regions when analysed alone. The nrITS region was the best region when analysed alone with a discriminatory power of 26 % of the species. Overall, we identified 52 % of the species and 30 % of the endangered or threatened species within this group when all six regions were combined. Our results are consistent with those of other studies that indicate that additional approaches to barcoding will be needed in recently evolved groups, such as the inclusion of faster evolving regions from the nuclear genome.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle