Transcriptional profiling of genes that are regulated by the endoplasmic reticulum-bound transcription factor AIbZIP/CREB3L4 in prostate cells
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Notice bibliographique
Résumé
The androgen-regulated protein androgen-induced bZIP (AIbZIP) is a bZIP transcription factor that localizes to the membrane of the endoplasmic reticulum (ER). The physiological role of AIbZIP is unknown, but other ER-bound transcription factors such as ATF6 and SREBPs play a crucial role in the regulation of protein processing and lipid synthesis, respectively. In response to alterations in the intracellular milieu, ATF6 and SREBPs are processed to their transcriptionally active forms by regulated intramembrane proteolysis. In humans, AIbZIP mRNA is expressed in several organs including the pancreas, liver, and gonads, but it is especially abundant in prostate epithelial cells. We therefore used LNCaP human prostate cancer cells as a model to identify stimuli that lead to AIbZIP activation and define the transcriptional targets of AIbZIP. In LNCaP cells, AIbZIP was processed to its transcriptionally active form by drugs that deplete ER calcium stores (i.e., A23187 and caffeine), but it was unaffected by an inhibitor of protein glycosylation (tunicamycin). To identify AIbZIP-regulated genes, we generated LNCaP cell lines that conditionally express the processed form of AIbZIP and used Affymetrix microarrays to screen for AIbZIP-regulated transcripts. Selected genes (n = 48) were validated by Northern blot hybridization. The results reveal that the downstream targets of AIbZIP include genes that are implicated in protein processing (e.g., BAG3, DNAJC12, KDELR3). Strikingly, a large number of AIbZIP-regulated transcripts encode proteins that are involved in transcriptional regulation, small molecule transport, signal transduction, and metabolism. These results suggest that AIbZIP plays a novel role in cell homeostasis.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle