Towards high affinity carbohydrate-binding proteins: Directed evolution of murine galectin-3
Notice bibliographique
Résumé
Towards a better understanding of the molecular basis of affinity, a directed evolution of murine galectin-3 (G3) was initiated to produce mutants with improved affinity for lactose and N-acetyllactosamine relative to the wild-type protein. A series of N-terminal truncations were developed to facilitate incorporation of the 35 kDa protein into a phage-display construct. Analysis of the various assemblies revealed that all such deletions produced protein unsuitable for use in directed evolution studies. Following fusion of the full-length galectin to p3 of filamentous phage, three libraries were constructed and biopanned for increased affinity for lactose. The first two libraries, of 1 × 10 5 and 1 × 10 6 members, respectively, were assembled through a combination of error-prone PCR and DNA shuffling. A third library was constructed using a modified staggered extension protocol (StEP), but contained only 10 members. Mutants were also engineered site-specifically to test the role of key residues in or near the binding pocket. Analysis of the mutants by ITC identified one mutation (R158G) that produces a twofold increase in affinity for lactose and another that results in a sixfold increase in affinity for N-acetyllactosamine. Solid-phase binding analysis of phage for nonexpressing proteins indicated that two other mutants demonstrated increased binding to beta-methyllactose relative to the wild-type protein. Together these studies validate the evolutionary approach and set the stage for the development of novel carbohydrate-binding proteins.Key words: phage display, directed evolution, galectin, thermodynamics, carbohydrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».