The ATF6-Met[67]Val Substitution Is Associated With Increased Plasma Cholesterol Levels
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Activating transcription factor 6 (ATF6) is a sensor of the endoplasmic reticulum stress response and regulates expression of several key lipogenic genes. We used a 2-stage design to investigate whether ATF6 polymorphisms are associated with lipids in subjects at increased risk for cardiovascular disease (CVD). METHODS AND RESULTS: In stage 1, 13 tag-SNPs were tested for association in Dutch samples ascertained for familial combined hyperlipidemia (FCHL) or increased risk for CVD (CVR). In stage 2, we further investigated the SNP with the strongest association from stage 1, a Methionine/Valine substitution at amino-acid 67, in Finnish FCHL families and in subjects with CVR from METSIM, a Finnish population-based cohort. The combined analysis of both stages reached region-wide significance (P=9 x 10(-4)), but this association was not seen in the entire METSIM cohort. Our functional analysis demonstrated that Valine at position 67 augments ATF6 protein and its targets Grp78 and Grp94 as well as increases luciferase expression through Grp78 promoter. CONCLUSIONS: A common nonsynonymous variant in ATF6 increases ATF6 protein levels and is associated with cholesterol levels in subjects at increased risk for CVD, but this association was not seen in a population-based cohort. Further replication is needed to confirm the role of this variant in lipids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».