Biodiversity genomics for species at risk: patterns of DNA sequence variation within and among complete mitochondrial genomes of three species of wolffish (Anarhichas spp.)
Notice bibliographique
Résumé
The first marine fish species to be listed under the Canadian Species At Risk Act as Threatened with extinction are the spotted wolffish ( Anarhichas minor Olafsen, 1774) and the broadhead wolffish ( Anarhichas denticulatus Krøyer, 1844); a third species, the striped wolffish ( Anarhichas lupus L., 1758), is listed as a species of special concern. As part of the recovery plan for wolffish, we determined the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genome sequences of all three species to identify the most variable gene regions for population analysis. Anarhichas genomes comprise either 16 519 or 16 520 base pairs (bp), among which there are 449 single nucleotide polymorphisms (SNPs). The most variable protein-coding loci are ND4, CYTB, and ND2, with 4.40, 4.22, and 4.19 SNPs / 100 bp, respectively. Comparisons of rates of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions indicate no evidence of selection. The control region, characterized in many species as hypervariable, was less variable than 9 of 13 protein-coding loci (2.45 SNPs / 100 bp). Phylogenetic analysis shows that A. lupus and A. minor are more closely related to each other than either is to A. denticulatus. Amplification and sequence analysis of a contiguous block of 6392 bp that spans the ND4, ND5, ND6, and CYTB loci is an efficient strategy for evaluating patterns of intraspecific mtDNA variability.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».