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Enregistrement W2155360150 · doi:10.1371/journal.pgen.1001035

Genome-Wide Meta-Analysis for Serum Calcium Identifies Significantly Associated SNPs near the Calcium-Sensing Receptor (CASR) Gene

2010· review· en· W2155360150 sur OpenAlexaff
Karen Kapur, Toby Johnson, Noam D. Beckmann, Joban Sehmi, Toshiko Tanaka, Zoltán Kutalik, Unnur Styrkársdóttir, Weihua Zhang, Diana Marek, Daníel F. Guðbjartsson, Yuri Milaneschi, Hilma Hólm, Angelo Di Iorio, Dawn Waterworth, Yun Li, Andrew Singleton, Unnur Steina Björnsdóttir, Gunnar Sigurðsson, Dena Hernández, Ranil DeSilva, Paul Elliott, Guðmundur I. Eyjólfsson, Jack M. Guralnik, Unnur Þorsteinsdóttir, Stefania Bandinelli, John C. Chambers, Kāri Stefánsson, Gérard Waeber, Luigi Ferrucci, Jaspal S. Kooner, Vincent Mooser, Péter Vollenweider, J. Beckmann, Murielle Bochud, Sven Bergmann

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2010
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensInstitute of Aging
Organismes subventionnairesNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesChinese Society of Clinical OncologyUniversité de LausanneMinistero della SaluteGlaxoSmithKlineNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBiologySingle-nucleotide polymorphismLinkage disequilibriumGenome-wide association studyCalcium-sensing receptorCalciumGeneticsGenetic associationLocus (genetics)HaplotypePopulationCalcium metabolismGeneEndocrinologyInternal medicineGenotypeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Calcium has a pivotal role in biological functions, and serum calcium levels have been associated with numerous disorders of bone and mineral metabolism, as well as with cardiovascular mortality. Here we report results from a genome-wide association study of serum calcium, integrating data from four independent cohorts including a total of 12,865 individuals of European and Indian Asian descent. Our meta-analysis shows that serum calcium is associated with SNPs in or near the calcium-sensing receptor (CASR) gene on 3q13. The top hit with a p-value of 6.3 x 10(-37) is rs1801725, a missense variant, explaining 1.26% of the variance in serum calcium. This SNP had the strongest association in individuals of European descent, while for individuals of Indian Asian descent the top hit was rs17251221 (p = 1.1 x 10(-21)), a SNP in strong linkage disequilibrium with rs1801725. The strongest locus in CASR was shown to replicate in an independent Icelandic cohort of 4,126 individuals (p = 1.02 x 10(-4)). This genome-wide meta-analysis shows that common CASR variants modulate serum calcium levels in the adult general population, which confirms previous results in some candidate gene studies of the CASR locus. This study highlights the key role of CASR in calcium regulation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,751
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,005
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,145
Tête enseignante GPT0,344
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations116
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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