Sources and Magnitude of Intralaboratory Variability in a Sequence-Based Genotypic Assay for Human Immunodeficiency Virus Type 1 Drug Resistance
Notice bibliographique
Résumé
We assessed the intralaboratory reproducibility of a system for sequencing human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) protease (PR) and reverse transcriptase (RT) by using replicate subanalyses of 46 plasma samples collected from HIV-1-infected, antiretroviral-experienced patients in order to determine the relative contributions of the different procedural steps to final sequence variability. Complete sequence concordance between duplicates of each sample was 99.4%. Complete and partial mismatches occurred scattered throughout the PR-RT genome segment at >300 positions. Approximately 75% of the discordances involved mixtures, some of which appeared at key resistance sites. Most differences were the result of the first-round RT-PCR procedure. Inter-rater concordance for sequence analysis and assembly was >99.9%. There was no observed correlation between the number or frequency of mismatches and plasma viral loads. A separate longitudinal analysis of a single routine control sample sequenced 103 times over 9 months consistently gave highly reproducible sequences (median percentage of nucleotide discordances, 0.04%; range, 0 to 0.2%). Finally, sequence data from 168 sequential samples collected from 22 patients with long-term, predominantly wild type HIV showed that intrapatient nucleotide concordance with individual index sequences ranged from 96.5 to 100%. Together, these results confirm that sequence-based genotyping can be a precise and reliable tool for monitoring HIV drug resistance, and they suggest that efforts to reduce variability should focus on the first RT-PCR step. Consequently, the data suggest that the composition of external quality assessment panels should be based on clinical HIV isolates rather than DNA clones.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,039 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».