Polymorphisms in the 5′ Upstream Region of the CXCR1 Chemokine Receptor Gene, and Their Association with Somatic Cell Score in Holstein Cattle in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Identification of regulatory elements in 5' regions of chemokine genes is fundamental for understanding chemokine gene expression in response to infection diseases. The CXCR1 receptor is expressed on the surface of neutrophils and interacts primarily with CXCL8 (IL-8), the most potent chemoattractant for neutrophils. The aim of this study was to characterize the 5' upstream region (2.1 kb) of the bovine CXCR1 chemokine receptor gene for polymorphism content and to identify in silico potential transcription-factor binding sites. The 5' flanking region was found by mining the NCBI GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/). A DNA sequence from the whole genome shotgun sequence project with reference number AC150887.4 contained the CXCR1 5' flanking sequence. Computer analysis revealed potential binding sites for the transcription factors nuclear factor kappaB (NF-kappaB), binding factor GATA-1, barbiturate inducible element (Barbie), nuclear factor of activated T-cells, and activator protein 1. Polymorphism discovery in this region was conducted by constructing an inclusive DNA pool including 2 phenotypic extreme groups, 20 bulls with high estimated breeding values (EBV) for somatic cell score (SCS), and 20 bulls with low EBV for SCS. Independent amplicons along the 5' flanking region of bovine CXCR1 were generated for polymorphism discovery by sequencing. Three novel single nucleotide polymorphisms (SNP), CXCR1c.-344T>C, CXCR1c.-1768T>A, and CXCR1c.-1830A>G, and a previously identified SNP in the coding region, CXCR1c.777G>C, were identified. The 4 SNP were genotyped in Canadian Holstein bulls (n = 338) using tetra-primer amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR. Average allele substitution effects were estimated to investigate associations between the 4 SNP and EBV for SCS in first, second, and third and later lactations. Multiple trait analysis revealed that the SNP CXCR1c.-1768T>A was associated with EBV for SCS in the first and second lactations and over all 3 lactations. Haplotype analysis substantiated this association with EBV for SCS in the first lactation. Given the location of SNP CXCR1c.-1768T>A and the surrounding potential binding recognition sequences for NF-kappaB, GATA-1, and Barbie transcription-factors, this SNP may be implicated in gene regulation and warrants further research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».