Proteomic and Transcriptomic Analyses Reveal Genes Upregulated by<i>cis</i>-Dichloroethene in<i>Polaromonas</i>sp. Strain JS666
Notice bibliographique
Résumé
Polaromonas sp. strain JS666 is the only bacterial isolate capable of using cis-dichloroethene (cDCE) as a sole carbon and energy source. Studies of cDCE degradation in this novel organism are of interest because of potential bioremediation and biocatalysis applications. The primary cellular responses of JS666 to growth on cDCE were explored using proteomics and transcriptomics to identify the genes upregulated by cDCE. Two-dimensional gel electrophoresis revealed upregulation of genes annotated as encoding glutathione S-transferase, cyclohexanone monooxygenase, and haloacid dehalogenase. DNA microarray experiments confirmed the proteomics findings that the genes indicated above were among the most highly upregulated by cDCE. The upregulation of genes with antioxidant functions and the inhibition of cDCE degradation by elevated oxygen levels suggest that cDCE induces an oxidative stress response. Furthermore, the upregulation of a predicted ABC transporter and two sodium/solute symporters suggests that transport is important in cDCE degradation. The omics data were integrated with data from compound-specific isotope analysis (CSIA) and biochemical experiments to develop a hypothesis for cDCE degradation pathways in JS666. The CSIA results indicate that the measured isotope enrichment factors for aerobic cDCE degradation ranged from -17.4 to -22.4 per thousand. Evidence suggests that cDCE degradation via monooxygenase-catalyzed epoxidation (C C cleavage) may be only a minor degradation pathway under the conditions of these experiments and that the major degradation pathway involves carbon-chloride cleavage as the initial step, a novel mechanism. The results provide a significant step toward elucidation of cDCE degradation pathways and enhanced understanding of cDCE degradation in JS666.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».