Mutation analysis of PALB2 in BRCA1 and BRCA2-negative breast and/or ovarian cancer families from Eastern Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: PALB2 has emerged as a breast cancer susceptibility gene. Mutations in PALB2 have been identified in almost all breast cancer populations studied to date, but the rarity of these mutations and lack of information regarding their penetrance makes genetic counseling for these families challenging. We studied BRCA1/2 -negative breast and/or ovarian cancer families to a) assess the contribution of PALB2 mutations in this series and b) identify clinical, pathological and family history characteristics that might make PALB2 screening more efficient. METHODS: The coding region of the PALB2 gene was analyzed in 175 probands with family histories of breast and/or ovarian cancer ascertained from a single Canadian institution in Eastern Ontario. RESULTS: We identified 2 probands with PALB2 mutations that are known or strongly considered to be pathogenic and 3 probands with missense mutations that are possibly pathogenic. One of the identified truncating mutations [c.3113G > A (p.Gly1000_Trp1038del - major product)], has been previously described while the other four mutations [c.3507_3508delTC (p.H1170Ffs*19), c.1846G > C (p.D616H), c.3418 T > G (p.W1140G), c.3287A > G (p.N1096S)] have not been previously reported. Loss of heterozygosity was detected in two breast tumors from one c.3507_3508delTC mutation carrier but not in other available tumors from that family or in tumors from carriers of other mutations. CONCLUSIONS: PALB2 mutation screening identifies a small, but significant number of mutations in BRCA1/2 -negative breast and/or ovarian cancer families. We show that mutations are more likely to be found in families with three or more breast cancers as well as other BRCA2-related cancers. In our cohort, both clearly pathogenic mutations were identified in premenopausal breast cancer cases (2/77, 2.6%). Testing should be preferentially offered to affected women from such families.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».