Association of the transcriptional response of soybean plants with soybean mosaic virus systemic infection
Notice bibliographique
Résumé
Compatible virus infection induces and suppresses host gene expression at the global level. These gene-expression changes are the molecular basis of symptom development and general stress and defence-like responses of the host. To assess transcriptional changes in soybean plants infected with soybean mosaic virus (SMV), the first soybean trifoliate leaf, immediately above the SMV-inoculated unifoliate leaf, was sampled at 7, 14 and 21 days post-inoculation (p.i.) and subjected to microarray analysis. The identified changes in gene expression in soybean leaves with SMV infection at different time points were associated with the observed symptom development. By using stringent selection criteria (>or=2- or <or=-2-fold change and a Q value of <or=0.05), 273 (1.5 %) and 173 (0.9 %) transcripts were identified to be up- and downregulated, respectively, from 18 613 soybean cDNAs on the array. The expression levels of many transcripts encoding proteins for hormone metabolism, cell-wall biogenesis, chloroplast functions and photosynthesis were repressed at 14 days p.i. and were associated with the highest levels of viral RNA in the host cells. A number of transcripts corresponding to genes involved in defence were either downregulated or not affected at the early stages of infection, but upregulated at the late stages, indicating that the plant immune response is not activated until the late time points of infection. Such a delayed defence response may be critical for SMV to establish its systemic infection.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».