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Enregistrement W2155660104 · doi:10.1128/mbio.00407-13

Transcriptional Profiling of Staphylococcus aureus During Growth in 2 M NaCl Leads to Clarification of Physiological Roles for Kdp and Ktr K <sup>+</sup> Uptake Systems

2013· article· en· W2155660104 sur OpenAlexfundno aff
Alexa Price‐Whelan, Chun Kit Poon, Meredith A. Benson, Tess T. Eidem, Christelle M. Roux, Jeffrey M. Boyd, Paul M. Dunman, Victor J. Torres, Terry A. Krulwich

Notice bibliographique

RevuemBio · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntimicrobial Resistance in Staphylococcus
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAmerican Heart AssociationDirectorate for Biological SciencesNational Institute of General Medical SciencesSchool of Medicine, New York UniversityYork University
Mots-clésStaphylococcus aureusOsmotic shockGeneOsmotic concentrationBiochemistryChemistryMutantOsmoprotectantAmino acidBiologyMicrobiologyGeneticsBacteriaProline

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

UNLABELLED: Staphylococcus aureus exhibits an unusually high level of osmotolerance and Na(+) tolerance, properties that support survival in various host niches and in preserved foods. The genetic basis of these traits is not well understood. We compared the transcriptional profiles of S. aureus grown in complex medium with and without 2 M NaCl. The stimulon for growth in high-osmolality media and Na(+) included genes involved in uptake of K(+), other compatible solutes, sialic acid, and sugars; capsule biosynthesis; and amino acid and central metabolism. Quantitative PCR analysis revealed that the loci responded differently from each other to high osmolality imposed by elevated NaCl versus sucrose. High-affinity K(+) uptake (kdp) genes and capsule biosynthesis (cap5) genes required the two-component system KdpDE for full induction by osmotic stress, with kdpA induced more by NaCl and cap5B induced more by sucrose. Focusing on K(+) importers, we identified three S. aureus genes belonging to the lower-affinity Trk/Ktr family that encode two membrane proteins (KtrB and KtrD) and one accessory protein (KtrC). In the absence of osmotic stress, the ktr gene transcripts were much more abundant than the kdpA transcript. Disruption of S. aureus kdpA caused a growth defect under low-K(+) conditions, disruption of ktrC resulted in a significant defect in 2 M NaCl, and a ΔktrC ΔkdpA double mutant exhibited both phenotypes. Protective effects of S. aureus Ktr transporters at elevated NaCl are consistent with previous indications that both Na(+) and osmolality challenges are mitigated by the maintenance of a high cytoplasmic K(+) concentration. IMPORTANCE: There is general agreement that the osmotolerance and Na(+) tolerance of Staphylococcus aureus are unusually high for a nonhalophile and support its capacity for human colonization, pathogenesis, and growth in food. Nonetheless, the molecular basis for these properties is not well defined. The genome-wide response of S. aureus to a high concentration, 2 M, of NaCl revealed the upregulation of expected genes, such as those for transporters of compatible solutes that are widely implicated in supporting osmotolerance. A high-affinity potassium uptake system, KdpFABC, was upregulated, although it generally plays a physiological role under very low K(+) conditions. At higher K(+) concentrations, a lower-affinity and more highly expressed type of K(+) transporter system, Ktr transporters, was shown to play a significant role in high Na(+) tolerance. This study illustrates the importance of the K(+) status of the cell for tolerance of Na(+) by S. aureus and underscores the importance of monovalent cation cycles in this pathogen.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations81
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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