Conserved Primers for Rapid Sequencing of the Complete Mitochondrial Genome from Carnivores, Applied to Three Species of Bears
Notice bibliographique
Résumé
Phylogenetic relationships of the order Carnivora have been extensively studied. However, depending on the type of data, species sampling, and method of analysis used, carnivores have been placed in nearly every possible position throughout the eutherian phylogenetic tree (for a review, see Novacek 1992). The integrity of the order itself has, however, remained intact. Undisputedly monophyletic, the order Carnivora nonetheless constitutes a very adaptable and heterogeneous group (Wayne et al. 1989) whose evolution has been marked by several events of parallel or convergent evolution and rapid radiation. Consequently, phylogenetic relationships between and within many carnivore families are also still largely unresolved. For example, the families Procyonidae, Ailuridae, Mustelidae, Pinnidedia, and Ursidae are joined at a polytomy. Within Pinnipedia, the closer affinity of Otariidae to either Phocidae or Obodenidae has long been debated. Additionally, the monophyly of the family Mustelidae has been challenged, with true mustelids and mephitids thought to belong to different branches within the superfamily Musteloidea, also including Procyonidae and Ailuridae. The phylogeny of the family Ursidae is another typical example. Six species of bears, grouped under the subfamily Ursinae, are thought to have diverged at the beginning of the Pliocene through such a rapid radiation event (Thenius 1990) that the order of species divergence is difficult to determine. Hence, the speciation event that led to extant ursine bears (American black bear, Ursus americanus; brown bear, U. arctos; polar bear, U. maritimus; Asiatic black bear, U. thibetanus; sun bear, U. malayanus; and sloth bear, U. ursinus) is usually represented as a polytomy. Rapid radiations remain unresolved largely because available data contain very few informative changes essential to infer the correct phylogenetic tree. More resolving power can be reached by using longer DNA sequences to provide a sufficient number of informative characters. Moreover, it has been shown that the combination of multiple genes in a single large data set has the potential to raise a weak phylogenetic signal above the noise level (Bull et al. 1993). Combining these two advantages, complete mitochondrial (mtDNA) sequences (approximately 17 kbp and 13 protein-coding genes) offer great potential for recovering phylogenies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».