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Enregistrement W2156202004 · doi:10.1186/1476-4598-9-14

Constitutively overexpressed 21 kDa protein in Hodgkin lymphoma and aggressive non-Hodgkin lymphomas identified as cytochrome B5b (CYB5B)

2010· article· en· W2156202004 sur OpenAlexafffund
Derek Murphy, Jeremy Parker, Minglong Zhou, Faisal M. Fadlelmola, Christian Steidl, Aly Karsan, Randy D. Gascoyne, Hong Chen, Diponkar Banerjee

Notice bibliographique

RevueMolecular Cancer · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLymphoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensProvincial Health Services Authority
Organismes subventionnairesBC Cancer AgencyCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBiologyMolecular biologyLymphomaBone marrowCD34Cancer researchLymphPathologyImmunologyMedicineStem cellGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: We have previously reported a novel constitutively overexpressed 21 kDa protein in Hodgkin Lymphoma (HL) and aggressive Non-Hodgkin Lymphomas (NHL). The objective of the current study was to 1) identify this protein using two independent methods, 2) study the expression of the protein and its encoding mRNA in reactive lymph nodes, normal lymphocytes and CD34+ bone marrow precursor cells, 3) analyse patterns of expression of the protein in tissue microarrays assembled from a large number of diagnostic clinical biopsies from patients with HL, and 4) determine the copy number variation and mutation status of the encoding gene in HL cell lines. RESULTS: Peptide sequencing by LC-MS/MS and protein identification by protein array screening identified a single protein, CYB5B. No mutations were detected in the CYB5B gene in HL cell lines. Quantitative PCR showed CYB5B gene expression was increased in HL and NHL cell lines. Array CGH using a submegabase resolution tiling array revealed gains in the CYB5B locus in HL cell lines KMH2 and L428. Membrane expression was seen in Reed-Sternberg cells in clinical biopsies from patients with HL but not in reactive lymph nodes. Bone marrow CD34+ precursor cells were CYB5B negative on the cell surface. RT-PCR assays of RNA extracted from T and B cell enriched fractions obtained from normal peripheral blood mononuclear cells, reactive lymph nodes, tonsils and normal bone marrow samples showed no evidence of increased mRNA levels of CYB5B in comparison to housekeeping gene GAPDH. CONCLUSIONS: The 21 kDa protein overexpressed in HL and aggressive NHL is identical to CYB5B. CYB5B gene expression is increased in a subset of HL and NHL cell lines tested. This is associated with CYB5B gene amplification in HL cell lines KMH2 and L428. CYB5B may be a potential target for antibody-based therapy of HL and aggressive NHL as although cytoplasmic expression is present in reactive lymphocytes, it is not expressed on the cell surface of non-neoplastic lymphocytes or bone marrow precursor cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,249
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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