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Enregistrement W2156247723 · doi:10.18433/j3859k

Investigation of DNA Spectral Conformational Changes and Polymer Buffering Capacity in Relation to Transfection Efficiency of DNA/Polymer Complexes

2009· article· en· W2156247723 sur OpenAlexvenueno aff
Jong Yuh Cherng

Notice bibliographique

RevueJournal of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Interference and Gene Delivery
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTransfectionPolymerCationic polymerizationDNAChemistryDextranBiophysicsProtonationPolymer chemistryOrganic chemistryBiochemistryGeneBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: The relation between transfection efficiency of DNA/polymer complexes and DNA conformational alterations is investigated. The buffering capacity of several synthetic polymers is also studied to relate their performance in transfection efficiency. METHODS: The cationic polymer/DNA interaction was evaluated by measuring the alteration of DNA secondary structures in solution before and after the addition of polymer with ATR-FTIR technique. The degree of protonation in aqueous cationic polymers is varied upon pH and different structures. A polymer capable of protonation acts like a proton sponge to react with H+ in titration with HCl. This characteristic was evaluated in relation to transfection efficiency because the capacity would help the release of endocytotic DNA from endosome/lysosome on its way to expression. RESULTS: IR results show that the antisymmetric PO2- vibration of DNA (at 1224 cm-1) shifts toward lower frequencies in complexation with PEI or PLLys (these polymers are able to transfect DNA). By contrast, the antisymmetric PO2- vibration of DNA in presence of PDAMA or dextran (these polymers are poor in DNA transfection) shows a shifting to higher frequencies or no alteration was observed. Interestingly, the polymers with best performance in transfection efficiency are in this order: PEI>PDMAEMA>PLLys>PDAMA>dextran which is in the same order as their polymer buffering capacity. These facts indicate polymers possessing better buffering capacity could result in higher transfection efficiency. Also, we have demonstrated in this paper that the alteration in the antisymmetric PO(2)(-) stretching vibration in the IR spectra is sensitive to the binding of cationic polymers with DNA and the transfection efficiency of the formed complexes. These findings are useful for the developing polymer-based gene delivery systems with better in vitro and in vivo performance. NOVELTY OF THE WORK: this work establishes a rational relation between transfection efficiency of DNA/polymer complexes and DNA conformational alterations. Also, the buffering capacity of polymers is found to be closely related to their performance in transfection efficiency.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,017
Score d'incertitude au seuil0,306

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,075
Tête enseignante GPT0,338
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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