Functional Characterization of a Catabolic Plasmid from Polychlorinated- Biphenyl-Degrading <i>Rhodococcus</i> sp. Strain RHA1
Notice bibliographique
Résumé
Rhodococcus sp. strain RHA1, a potent polychlorinated-biphenyl (PCB)-degrading strain, contains three linear plasmids ranging in size from 330 to 1,100 kb. As part of a genome sequencing project, we report here the complete sequence and characterization of the smallest and least-well-characterized of the RHA1 plasmids, pRHL3. The plasmid is an actinomycete invertron, containing large terminal inverted repeats with a tightly associated protein and a predicted open reading frame (ORF) that is similar to that of a mycobacterial rep gene. The pRHL3 plasmid has 300 putative genes, almost 21% of which are predicted to have a catabolic function. Most of these are organized into three clusters. One of the catabolic clusters was predicted to include limonene degradation genes. Consistent with this prediction, RHA1 grew on limonene, carveol, or carvone as the sole carbon source. The plasmid carries three cytochrome P450-encoding (CYP) genes, a finding consistent with the high number of CYP genes found in other actinomycetes. Two of the CYP genes appear to belong to novel families; the third belongs to CYP family 116 but appears to belong to a novel class based on the predicted domain structure of its reductase. Analyses indicate that pRHL3 also contains four putative "genomic islands" (likely to have been acquired by horizontal transfer), insertion sequence elements, 19 transposase genes, and a duplication that spans two ORFs. One of the genomic islands appears to encode resistance to heavy metals. The plasmid does not appear to contain any housekeeping genes. However, each of the three catabolic clusters contains related genes that appear to be involved in glucose metabolism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».